就地保育
棲地保育是復育台灣櫻花鉤吻鮭族群的最主要之措施，因此內政部國家公園署雪霸國家公園管理處制定出一系列就地（In-Situ）及移地（Ex-Situ）保育策略。
計畫目標設定在未來20年（2020年）內達成下列3項目標：
- 復原七家灣溪及高山溪流域內健康且具有自我維持生殖能力的族群。
- 選擇七家灣溪以外適合溪段，建立2個獨立且自我維持生殖能力的台灣鮭魚族群。
- 復原台灣鮭魚族群曾經生存的大甲溪上游水系主支流之歷史棲地。
就地保育工作方面，內政部國家公園署雪霸國家公園管理處協調農委會、林務局、東勢林區管理處、退輔會武陵農場、台中市政府、德基水庫管理委員會等武陵地區其他相關機關，進行下列各項棲地復育工作：
高山溪與七家灣溪防砂壩改善工程
防砂壩因為淤積，使得河床變寬，河水變淺，造成水溫變化劇烈，並直接阻隔鮭魚上溯活動空間。雪霸處透過水工模型試驗作為拆壩試驗依據，並且協調各主管機關，終於在1998年及2001年接連拆除高山溪4座防砂壩，提供鮭魚一個通行的廊道。後續監測發現除了棲地物理特性改變，棲地環境改善外，台灣鮭魚的數量亦呈現正成長。故雪霸處自2008年即進行壩體改善評估，決定壩體改善順序，並進行2年壩體改善水工模型試驗，同時結合2005年開始辦理之武陵地區溪流長期監測整合型計畫(2005-2013)，進行壩體改善前之棲地及生物等之監測；於2011年5月完成七家灣溪一號壩改善工程。壩體改善後之監測發現拆壩對於水棲昆蟲有影響，但範圍侷限在壩體下游，而水生昆蟲三個月後則逐漸恢復其數量，壩體改善對其他生物類群則影響不大。壩體改善後下游之鮭魚已可上溯至水溫較低之一號壩上游，於鮭魚繁殖應有正面之效益。
復舊造林
森林是水的故鄉，森林植被的穩定並且直接影響生物族群的興衰。武陵地區因長期農墾開發，造成水質劣化，土壤沖刷嚴重，影響溪流棲地環境。因此雪霸處積極與武陵農場協商，希望武陵農場加速轉型，以生態旅遊為主，逐年減少農墾作業，收回農地植樹造林。多年來亦持續在七家灣溪河岸邊及回收之廢耕地上，進行各項造林活動與計畫，種植楊梅、楓香、青楓、山枇杷、青剛櫟、山肉桂和台灣赤楠等多種原生植物，希望可以逐漸改變武陵地區河岸植被景觀。
徵收武陵地區8.1公頃土地
除了上述造林工作外，雪霸處經內政部核准徵收武陵地區最後的8.1公頃私人土地，於2006年12月6日完成武陵地區徵收法定程序，土地登記移轉為雪霸處所管轄。至此，武陵農場內七家灣溪旁國寶魚重要棲息地內已經沒有任何高冷蔬菜種植。
人工繁殖擴展棲息空間建立衛星族群
由於天災及環境的變動，台灣鮭魚的數量一直呈現不穩定的波動，因此在台灣鮭魚的復育計畫中，透過人工方式復育、培育及放流鮭魚的措施，一直是作為族群維繫的重要工作。當時的人工繁殖工作，一方面是為了維持上游與支流族群的穩定，避免因天災侵襲而造成滅絕；另一方面亦是透過捕捉下游河段無法自行繁殖的成年個體，以人工復育方式來協助族群提高自我更新能力。此外，也讓台灣鮭魚在棲地尚未獲得完全改善的過渡期間，可以維持族群穩定。
設立「台灣櫻花鉤吻鮭生態中心」
由於短期內完全執行七家灣溪流域之防砂壩改善工程尚有難度，適合的域外放流地點難尋且不易管理，加上颱風等天然災害造成鮭魚數量波動，為避免野外族群的滅絕等因素，促成「台灣櫻花鉤吻鮭生態中心」的興建工作，於2005年興建完成，為國內首座國寶魚完全養殖及研究中心。
生態中心係首創為保育瀕危魚類所建立的保育復育設施，涵蓋環境教育、學術研究及種源保存三大功能，其意涵說明建築不光是為人類所用，而是和環境調和、息息相關；同時代表台灣鮭魚的復育成果，更是保育研究和環境教育思維的重要整合，呈現整體的生態概念內涵。
設置鮭魚人工避難河道與生態工法興築護岸
為了避免颱風天災帶來豪雨對鮭魚造成的威脅，雪霸處亦曾經在觀魚台、湧泉池等地區以及興建台灣櫻花鉤吻鮭生態中心時，在合適地點設計人工避難河道。以工程方式，將深潭淤砂清除，以石頭堆砌成階梯狀和複式斷面，並建立穩定水流的引水道，作為鮭魚暫時的避難棲所。
此外，在修復七家灣溪靠近鮭魚生態中心附近的河岸時，為了避免鮭魚受困於河岸邊低漥處，也透過生態工法理念施作，設計潛箱等提供台灣櫻花鉤吻鮭合適棲地。