台灣鮭魚受到外在環境壓力與溪流生態改變的交互衝擊下，仍面臨族群的衰減與絕種的生存危機。
在自然與人為變因的影響下，造成的族群生態問題，主要有：
回顧台灣鮭魚族群，瀕臨絕種的原因，主要即是人類種種不當的行為所造成。因此，我們有責任去保育國寶魚。值得思考的是，台灣鮭魚在政府近十多年的人工繁養殖復育努力下，族群數量雖漸趨穩定；卻仍存活在遭防砂壩隔離的片段棲地中，同時面臨著全球氣候變遷溫室效應等重大環境變遷議題。
然而，台灣鮭魚要自然繁衍到原有多量與多樣的族群，存在著重重的障礙而有待排除。因此，保護台灣鮭魚棲息的溪流環境，並復原其生態廊道及棲地品質，以增進溪流環境承載鮭魚的數量，是我們解救國寶魚族群生態問題的務本之道。